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A história passa-se após o final da Holy Road da primeira temporada de Inazuma Eleven GO , quando Tenma regressa à escola de Raimon. No entanto, Tenma depara-se com uma Raimon diferente: os restantes membros da equipa da Raimon já não jogam futebol.
Tenma apercebe-se que está num mundo paralelo quando Alpha, capitão e avançado da equipa Protocolo Omega, aparece diante dele. Alpha faz parte de um projeto secreto, realizado no futuro, que visa acabar com o futebol.
Para ajudar Tenma nas suas aventuras que terá nas viagens no tempo, a Inazuma Caravan, aquela que é vista na 1ª série da franquia, é modificada numa máquina do tempo.
- Spoiler:
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